Con decreto del 19 dicembre 2003 il Ministro delle Attività Produttive ha approvato il Testo integrato della Disciplina del mercato elettrico, attribuendo al GME, a partire dall'8 gennaio 2004, la responsabilità delle proprie funzioni relativamente all'organizzazione e alla gestione economica del mercato elettrico. Tale decreto, inoltre, ha abrogato l'articolo 1 del D.M. 14 marzo 2003 (di approvazione delle istruzioni limitatamente alle disposizioni relative alla sede di contrattazione dei certificati verdi), facendo salvi, comunque, gli atti ed i provvedimenti emanati, nonché gli effetti prodottisi sulla base di quest'ultimo decreto.

Le norme attuative e procedimentali del Testo integrato della Disciplina del mercato elettrico approvato con decreto del 19 dicembre 2003 e ss.mm.ii, sono contenute nelle Disposizioni tecniche di funzionamento (DTF), pubblicate sul sito internet del GME successivamente all'approvazione delle stesse.

La delibera ARERA n. 111/06 e ss.mm.ii ha introdotto le nuove modalità di registrazione dei contratti a termine di compravendita di energia elettrica attraverso l'introduzione di un "sistema per conti di energia" (Piattaforma Conti Energia a Termine- PCE), assegnandone la gestione al GME.

Il Decreto del Ministero dello Sviluppo Economico 11 gennaio 2017 determina gli obiettivi quantitativi nazionali di risparmio energetico che dovranno essere conseguiti dai distributori di energia elettrica e gas naturale attraverso il meccanismo dei titoli di efficienza energetica (TEE) nel quadriennio 2017-2020. Per ciascuno degli anni ricompresi nel succitato periodo di riferimento, ai sensi di quanto previsto dall'articolo 3 del Decreto ministeriale 11 gennaio 2017, sono soggetti agli obblighi i distributori di energia elettrica e di gas naturale che, alla data del 31 dicembre di due anni antecedenti a ciascun obbligo, abbiano connessi alla propria rete di distribuzione più di 50.000 clienti finali. Con il medesimo Decreto, il Ministero dello Sviluppo Economico ha altresì aggiornato, ai sensi dell'articolo 7, comma 5, del D.lgs. 4 luglio 2014, n. 102, le Linee Guida per la preparazione, l'esecuzione e la valutazione dei progetti di efficienza energetica e per la definizione dei criteri e delle modalità per il rilascio dei TEE.

Dal 7 marzo 2006, il GME organizza la sede per la contrattazione dei TEE ed ha predisposto le Regole di funzionamento del mercato, adottate con delibera ARERA del 14 aprile 2005, n. 67/05, successivamente modificate ed integrate e da ultimo approvate con deliberazione 634/2017/R/efr.

Con deliberazione EEN 05/08 del 14 aprile 2008, l'ARERA ha adottato il Regolamento per la registrazione delle transazioni bilaterali dei titoli di efficienza energetica, successivamente modificato ed integrato e da ultimo approvato con deliberazione 634/2017/R/efr.

Dal 10 maggio 2010 il GME organizza e gestisce la sede per lo scambio delle quote di gas importato denominata P-GAS e ha predisposto il regolamento della piattaforma P-GAS approvato dal Ministero dello Sviluppo Economico in data 23 aprile 2010, come successivamente modificato e integrato, con Decreto del Ministro dello Sviluppo Economico del 6 agosto 2010 , sentita l'Autorità per l'energia elettrica, il gas ed il sistema idrico, al fine di introdurre nell'ambito di tale piattaforma la gestione delle offerte delle aliquote delle produzioni di gas dovute allo Stato (Royalties). Il Regolamento della Piattaforma P-GAS è stato successivamente modificato ed integrato al fine di introdurre uno specifico comparto, denominato "ex d.lgs. 130/10", nell'ambito del quale i soggetti investitori aderenti che abbiano richiesto di avvalersi del servizio di stoccaggio virtuale potranno adempiere all'obbligo di offerta dei quantitativi di gas resi disponibili dagli stoccatori virtuali abbinati.

Dal 2 settembre 2013, il GME organizza e gestisce, nel rispetto delle previsioni di cui Disciplina del mercato del gas naturale approvata con D.M. 6 marzo 2013, come successivamente modificata ed integrata, il mercato del gas naturale, costituito dal mercato a termine del gas e dal mercato a pronti del gas, quest'ultimo, già operativo dal 10 dicembre 2010 e precedentemente disciplinato nel Regolamento del mercato del gas approvato dal Ministero dello Sviluppo Economico, sentita l'Autorità per l'energia elettrica e il gas, in data 26 novembre 2010 (Regolamento) ed attualmente confluito con modifiche nel testo della Disciplina del mercato del gas naturale. La Disciplina del mercato del gas naturale, alla data di avvio del MTGAS, sostituisce integralmente il Regolamento.

Dal 1° aprile 2017, il GME organizza e gestisce ai sensi della deliberazione ARERA 312/2016/R/GAS, nell'ambito del mercato a pronti del gas, il mercato dei prodotti locational (MPL) e il mercato organizzato per la negoziazione di gas in stoccaggio (MGS).

Il GME organizza e gestisce i sistemi di scambio delle garanzie di origine nel rispetto delle disposizioni di cui al Regolamento di funzionamento del mercato organizzato e della piattaforma di registrazione delle transazioni bilaterali per lo scambio delle garanzie di origine, positivamente verificato dalla Direzione Mercati dell'Autorità di Regolazione per Energia Rete e Ambiente, come successivamente modificato ed integrato.

Dal 25-10-2017, il GME organizza e gestisce, ai sensi dell' articolo 21, comma 21.1, del decreto legislativo n. 249 del 31 dicembre 2012, la Piattaforma di mercato per l' offerta dei servizi della logistica petrolifera di oli minerali (P-LOGISTICA).

Dal 02-03-2018 il GME organizza e gestisce la Piattaforma di assegnazione della capacità di rigassificazione (PAR), istituita in attuazione di quanto disposto dall'ARERA con delibera 660/2017/R/GAS.

Dal 03-04-2020 il GME organizza e gestisce il mercato dei certificati di immissione in consumo di biocarburanti (MCIC), in attuazione di quanto disposto dall'articolo 6, comma 5 bis, del D.M. 10 ottobre 2014, come successivamente modificato ed integrato dal D.M. 2 Marzo 2018.

Dal 30-03-2022 il GME organizza e gestisce la Bacheca dei contratti di lungo termine di energia da fonti rinnovabili (BACHECA PPA), in attuazione di quanto disposto dall'art. 28, comma 1, del Decreto legislativo 8 novembre 2021, n. 199.